Fungsi ekosistem gambut dibedakan menjadi lindung dan budidaya.
Di Indonesia, klasifikasi kawasan gambut dibagi menjadi dua fungsi yaitu Fungsi Lindung Ekosistem Gambut (FLEG) dan Fungsi Budidaya Ekosistem Gambut (FBEG).
Fungsi Lindung Ekosistem Gambut (FLEG) adalah gambut dengan karakteristik tertentu yang memiliki fungsi dalam perlindungan dan keseimbangan tata air, penyimpan cadangan karbon, dan pelestarian keanekaragaman hayati. Biasanya gambut pada FLEG memiliki kedalaman lebih dari tiga meter. Pemanfaatan pada ekosistem gambut dengan fungsi lindung sangat terbatas. Hanya dapat dilakukan pemanfaatan untuk kegiatan penelitian, ilmu pengetahuan, pendidikan dan/atau jasa lingkungan.
Sedangkan Fungsi Budidaya Ekosistem Gambut (FBEG) adalah gambut yang memiliki karakteristik tertentu yang memiliki fungsi dalam menunjang produktivitas ekosistem gambut melalui kegiatan budi daya sesuai daya dukungnya. Meskipun gambut pada kawasan FBEG dapat digunakan untuk budi daya, kegiatan yang dilakukan haruslah tetap menganut pengelolaan lahan gambut berkelanjutan karena masih merupakan bagian dari satu ekosistem gambut.
Kedua Fungsi Ekosistem Gambut tersebut dapat ditemukan dalam satu kesatuan Kawasan Hidrologi Gambut (KHG). KHG merupakan ekosistem gambut yang pada umumnya terletak di antara dua sungai, di antara sungai dengan laut atau rawa-rawa. Pengelolaan lahan dalam satu KHG ini akan saling mempengaruhi antara satu wilayah dengan wilayah lainnya. Apabila dalam FBEG dilakukan pengelolaan lahan yang tidak ramah gambut maka akan menyebabkan FLEG ikut rusak. Sehingga pengelolaan lahan gambut harus dilakukan saling terintegrasi dan berbasis lanskap.